Das Zollkommissariat Ulm ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über eine Zollwache in Ulm, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig ist sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Ulm und Aalen für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls. Zudem verfügt das Zollkommissariat Ulm über zwei Einsatzgruppen Intensivkontrolle.