Das Zollkommissariat Magdeburg ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über eine Zollwache in Magdeburg, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig ist sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Magdeburg und Dessau für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls.