Das Zollkommissariat Friedrichshafen ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über drei Zollwachen (einschließlich Zollboot) in Friedrichshafen, Flughafen Friedrichshafen und Hafen Friedrichshafen, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit Kommissariaten in Friedrichshafen für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls. Zollkriminalität wird im Zollkommissariat Singen durch das Kommissariat Radolfzell bearbeitet.